Gereja ini merupakan salah satu gereja tertua di Pasuruan. Dibangun untuk mengakomodasi umat Kristiani aliran Protestan di Pasuruan. Kota Pasuruan semakin berkembang pasca Undang-Undang Gula dan Undang-Undang Agraria Tahun 1830 yang memberikan izin semakin luas perusahaan swasta Eropa menanamkan investasinya di Hindia Belanda. Kedua aturan tersebut membawa berbagai perubahan, salah satunya adalah semakin banyak orang-orang Belanda dan Eropa tinggal di Hindia Belanda termasuk Kota Pasuruan. Bangunan gereja diresmikan pada 15 November 1829. Pada tahun 1854 bangunan gereja ini rusak dan selanjutnya diperbaiki kembali dengan tanggal peresmian 15 Agustus 1855. Bangunan ini kembali dipugar pada tahun 1910-1917 dan tahun 1989. Pada saat terjadi kerusuhan di Kota Pasuruan sekitar tahun 2001 gereja ini terbakar habis. Bagian yang tersisa dari bangunan ini hanyalah bagian dinding. Akhirnya dilakukan rehabilitasi atas kondisi bangunan ini yang dimulai tanggal 22 Juli 2001 hingga 22 November 2004.
Gereja Kristen PNIEL membujur Timur-Barat dengan pintu masuk Utama berada di Timur. Gereja ini memiliki gaya Arsitektur Neo Gothic yang terlihat dengan denah berbentuk basilica (Salib), bangunan tinggi (vertikal), dan ramping. Atap runcing, tinggi, dan simetris yang bertumpu pada tiang-tiang tinggi sepanjang dinding. Diantara tiang tiang tersebut terdapat jendela-jendela yang besar dan tinggi. Jendela-jendela kaca tersusun secara horizontal dengan ketinggian, bentuk, ukuran dan jumlah yang sama.
Gereja ini memiliki tampak depan simetri, terdiri dari teras, ruang jemaat (nave), dan altar. Pada bagian atas teras terdapat gevel dengan menara lonceng pada bagian puncaknya. Selain itu, pada ujung teras terdapat deretan pilar berpelengkung (arcade). Pada bagian barat teras terdapat pintu masuk ke dalam ruangan. Pintu ini berbentuk persegi panjang dan terbuat dari kayu. Setelah melewati pintu masuk terdapat ruang duduk jemaat (nave), dan altar. Rangka utama dan penutup atap berupa langit-langit pada awalnya terbuat dari besi, namun pada kerusuhan tahun 1998 gereja ini mengalami kerusakan hebat. Seluruh kerangka atap, pintu, jendela, altar maupun bangku-bangku terbakar. Hanya dinding keliling yang masih kokoh. Kerangka utama dan penutup atap kemudian diganti dari bahan baja, langit-langit diganti dengan tripleks, jendela dan pintu menggunakan aluminium, dan bangku-bangku menggunakan kayu, serta lantai menggunakan porselin. Meskipun diganti dengan bahan baru, bagian-bagian ini masih menggunakan bentuk asli sebelum dibakar kecuali lantai.
